При Алексии II 17 мая 2007 года был подписан Акт о каноническом общении, положивший конец почти вековому разделению Русской православной церкви. В исторической перспективе возрождение церковных институтов способствовало ликвидации разрыва в российской истории, возникшего после революции 1917 года.
В условиях растущей социальной дифференциации церковь при Алексии II старалась распространить свое влияние и объединить различные слои населения, способствуя формированию общей системы ценностей. Это, кстати, не осталось незамеченным российскими политиками. Многие из них в отсутствие внятной политической программы постарались извлечь пользу из сложившейся ситуации и для укрепления авторитета и доверия среди граждан демонстрировали свою приверженность православию, уважение к церкви и ее иерархам. Взаимодействие с властью не всегда проходило гладко, учитывая подчиненную роль, которую церковь занимала со времен Петра I. Алексий II являлся сторонником принципа разделения церкви и государства и старался по возможности избежать "политизации" и "огосударствления", однако, поскольку церковь была не только духовной организацией, но еще представляла собой сложный хозяйственный механизм, в ряде случаев она была вынуждена идти на уступки. Осознавая разнообразие конфессионального устройства России, особенности ее истории - атеизм советских времен, принципы светскости, лежащие в основе новой либеральной демократической политики России - Алексий II, как отмечают многие, был чужд религиозной нетерпимости. Роль православной церкви виделась ему в установлении и поддержании мира и согласия. Так, патриарх выступал с миротворческими инициативами в связи с конфликтами на Балканах, армяно-азербайджанским противостоянием, боевыми действиями в Приднестровье, событиями на Северном Кавказе. Тем не менее, как и в отношениях с властью, отношения с гражданским обществом складывались у церкви далеко не просто. Ряд инициатив церковных властей, в том числе в сфере образования, вызвали неприятие сторонников светских устоев. Активно включаясь в общественную жизнь, церковь неизбежно оказывалась втянута в острые дискуссии, требовавших большей гибкости и меньшего догматизма. Ухудшение состояния здоровья Алексия II в последние годы не позволяло ему активно контролировать происходящие в церкви и обществе процессы. Это привело к возникновению новых противоречий в том числе внутри самой Церкви. Тем не менее, авторитет Алексия II как сторонника умеренности и компромисса оставался достаточно весом. За свою миротворческую деятельность Патриарх Московский и всея Руси был удостоен международной премии "Голубь мира". 4 июля 2006 года ему была вручена высшая награда мусульман Кавказа - орден Шейх-уль-ислам. Алексий II также был Награжден орденом "За заслуги перед Отечеством" I степени, орденом Петра Великого, общественным орденом Минина и Пожарского "Возвеличим Россию". Президент РФ Дмитрий Медведев заявил, что масштаб личности патриарха оказал колоссальное воздействие на духовную жизнь и нравственное состояние российского общества. "Именно с ним, с его именем прямо связаны подъем Русской Православной Церкви, действительное утверждение принципов свободы совести и вероисповедания. И конечно - гражданский мир и согласие в такой многонациональной и многоконфессиональной стране, как Россия", - отметил Дмитрий Медведев. Президент, которого известие о кончине патриарха застало в Индии, принял решение срочно вернуться в Москву, отменив ранее запланированный визит в Италию. По словам премьер-министра России Владимира Путина, уход из жизни патриарха - это очень трагическое и печальное событие. "Он был не только крупнейшим деятелем в истории Русской православной церкви, но и большим государственным деятелем", - заявил Путин. Представители императорского дома Романовых заявили, что глубоко скорбят о кончине патриарха. "Это страшный удар для всех православных христиан. Императорская семья потеряла своего духовного отца и старшего мудрого друга", - отметил руководитель канцелярии главы дома Романовых Великой княгини Марии Владимировны Александр Закатов. Свои соболезнования в связи с кончиной Алексия II также выразил Ватикан. Глава Папского совета по содействию христианскому единству кардинал Вальтер Каспер заявил, что "заслуги Святейшего патриарха в деле возвращения людей к вере и сближении христиан бесконечно велики", добавив, что со смертью Алексия II закончилась целая эпоха в истории церкви. Апостольский нунций в Москве Антонио Меннини после известия о смерти патриарха совершил в своей домовой часовне заупокойную службу. По некоторым данным, отпевание Алексия II пройдет в храме Христа Спасителя, а похоронен он будет в Богоявленском Елоховском соборе в Москве. Заседание Священного Синода, на котором будет определен окончательный порядок отпевания и похорон патриарха Московского и всея Руси Алексия II, состоится в субботу, 6 декабря.