Срок ознакомления подследственных с делом был ограничен 26-м января, хотя ранее адвокат бывшего главы "ЮКОСа" Наталья Терехова заявляла, что официальный срок ознакомления с материалами истекает 2 февраля 2009 года. Решение о сокращении сроков было мотивировано тем, что обвиняемые и их защита сознательно затягивают процесс чтения документов. Объем уголовного дела составляет 168 томов.

Ходорковского и Лебедева обвиняют в хищении акций и нефти на сумму 850 миллиардов рублей, совершенном в 1998-2004 годах , а также в последующей легализации полученных средств. В 2005 году предприниматели были осуждены на восемь с половиной лет лишения свободы за финансовые махинации. В конце 2006 года они были переведены из колоний в читинский СИЗО для проведения следственных мероприятий по новому делу.

Ходорковский и Лебедев не признают свою вину ни по первому, ни по второму делу.